در اوایل پاییز سال ۱۳۸۸ باشگاه استقلال جشنی را برگزار کرد که در آن از چهره‌ها و سرمربیان اسبق این تیم یاد شد ولی نامی از امیر قلعه‌نویی برده نشد! این اتفاق در حالی رخ داد که آبی‌پوشان با قلعه‌نویی در بهار همان سال قهرمان هشتمین دوره رقابت‌های لیگ برتر شده بودند اما پس از آن این مربی ترجیح داد جدا شود چون به لحاظ کاری با امیررضا واعظی آشتیانی مدیرعامل وقت باشگاه استقلال کنار نمی‌آمد.
در همین خصوص اختلافات میان قلعه‌نویی و مدیران استقلال تا جایی بالا گرفت که ۲۳ مهر سال ۸۸ بیانیه تند باشگاه استقلال پیرامون شکل عقد قرارداد با بازیکنان این تیم در لیگ هشتم منتشر شد و…
قرارداد با بازیکنان استقلال در مرغ‌فروشی!
باشگاه استقلال طی بیانیه‌ای که ۲۳ مهر ۸۸ در زیرنویس منتشر شد، پیرامون قراردادهای فصل قبل بازیکنان این تیم توضیحاتی ارائه کرد و در لابه‌لای این بیانیه مدعی شد ارائه چک شخصی به بازیکنان برای عقد قرارداد و دریافت مطالبات خود تخلف است چون نباید برای یک باشگاه دولتی از دسته چک شخصی استفاده کرد. این باشگاه همچنین در بیانیه خود اعلام کرد به جای این‌که در داخل ساختمان باشگاه استقلال با بازیکنان قرارداد منعقد شود، با برخی از بازیکنان این تیم درون یک دفتر که کارهای مربوط به خرید و فروش مرغ انجام می‌شد، مذاکرات صورت گرفته و قرارداد بسته می‌شد!
واکنش قلعه‌نویی
این بیانیه واکنش تند امیر قلعه‌نویی را در پی داشت. سرمربی اسبق استقلال که در آن مقطع هدایت سپاهان را بر عهده گرفته بود، طی مصاحبه‌ای که همان ۲۳ مهر سال ۸۸ در زیرنویس منتشر شد به این ماجراها جواب داد و گفت: اولا قرارداد بازیکنان استقلال در مرغ‌فروشی منعقد نمی‌شد بلکه یکی از دوستان من بدون هیچ چشم‌داشت مالی پای کار آمده بود. ایشان در صنعت دامپروری و مرغ‌داری فعالیت می‌کرد و به همین خاطر گاهی اوقات برای این‌که با بازیکنان در نهایت آرامش قرار داد ببندیم، جلسات را به دفتر اداری ایشان منتقل می‌کردیم. ما بدون هیچ چشم‌داشتی کار کردیم و دوستان من اصلا به دنبال شهرت‌طلبی نبودند بلکه موفقیت استقلال برایشان اهمیت داشت اما برخی آقایان که این روزها در استقلال هستند، از هر فرصتی برای حضور در تلویزیون و نشان دادن خود استفاده می‌کنند. باور کنید آن‌قدر به تلویزیون رفته‌اند که فکر می‌کنم فقط در برنامه عمو پورنگ حاضر نشده باشند!
فوتبال 
پرسپولیس
استقلال