نیویورک تایمز به نقل از هفت مقام خاورمیانه از جمله دو ایرانی و یک مقام آمریکایی، مدعی شد اسماعیل هنیه با انفجار یک بمب که به شکل مخفیانه به مهمانخانهای که در آن اقامت داشت برده شده بود، ترور شد. به گفته پنج تن از مقامات، این بمب تقریبا دو ماه پیش در مهمانخانه مخفی شده بود.
انفجار ساختمان را لرزاند، برخی از شیشهها را شکست و باعث ریزش جزئی دیوار بیرونی شد. چنین آسیبی در عکسی از ساختمان که با نیویورک تایمز به اشتراک گذاشته شده بود نیز مشهود بود.
به گفته منابع مطلع ، آقای هنیه که دفتر سیاسی حماس در قطر را رهبری می کرد، در سفر به تهران چندین بار در این مهمانخانه اقامت داشته است.